A maioria vai dizer "Como vai você?" ou "Como você está?". Está super correto.
Mas e quanto a "How are you doing?" e "How do you do?"?
É a mesma coisa! Sério mesmo. Ao pé da letra "How are you doing?" seria "Como você está fazendo?"; e "How do you do" seria "Como você faz?". Isso não faria nenhum sentido pra você se alguém lhe perguntasse isso num cumprimento, não é?
Mas entenda apenas isso
Não faz diferença se lhe perguntam um ou outro, o que importa é que todas essas formas têm o mesmo sentido, que é saber como você está, ou se você está bem.
A única diferença é na resposta.
Question: How are you?
Answer: I'm fine / I'm great/ I'm okay, etc.
Question: How are you doing? How do you do?
Answer: I'm doing fine/ I'm doing great / I'm doing okay, etc.
A única diferença é que você acrescenta o "doing" também na resposta, mas que não faz diferença no sentido da frase. "Doing", tanto na pergunta quanto na resposta não tem tradução.
How are you doing? = Como você está?
I'm doing fine = Eu estou ótimo.
I'm doing okay = Eu estou bem.
Understand?